电影《银案迷踪》讲述在晚清光绪年间，岭南庆州府遭遇前所未有的严重瘟疫，乡民们死伤惨重。这个悲惨消息传到京城后，西太后派遣大学士吴一铭作为钦差大臣，前往灾区进行视察并安抚受灾群众。吴一铭在庆州了解到有一位医者老吉，宣称能以药物治愈病人。同时，庆州出现了一位神秘女侠。一次，女侠在祭扫被冤屈父亲的坟墓时，碰上了一伙劫匪，正在劫掠印有“老吉药铺”标识的镖车。女侠义气风发，出手打败了劫匪，然而镖师却因中剑而死，留下了数车的银子。女侠随后找到老吉药铺的老板，也就是老吉。与此同时，吴一铭的到来使得知府孙子玉心生恐慌，因为他与药铺老板贺天章联手侵吞了朝廷下拨的赈灾银两，企图向京城的一个权贵“主公”上贡。为了防止女侠揭发他们的阴谋，孙子玉按照贺天章的主意，决定用“引蛇出洞”的策略让女侠现身，然而他的手下......影片通过生动的情节和紧张的悬疑，刻画了一个动荡不安的历史背景下人们的挣扎与奋争。女侠的正义感与义愤填膺，与官场的阴暗与腐败形成了鲜明的对比，展现了善与恶之间永恒的斗争。同时，角色们复杂的动机与关系，让整部影片在令人揪心的情节中充满了深刻的人性思考。