电影《奈克瑟斯奥特曼剧场版》讲述一名海上自卫队的二尉动贵文正在调查坠落在太平洋的不明飞行物，意外接触到一种神秘的蓝光，结果导致他的遗传因子发生变异，变成了凶猛的怪兽THE ONE。此后，他在防卫厅内的生物工程学研究机构BCST的监视下逃离，消失无踪。与此同时，航空自卫队的飞行员真木舜一因希望能多陪伴身患先天性疾病的儿子继梦，决定辞去职务。在他最后一次飞行中，奇遇“红色发光体”。这是在THE ONE事件发生三个月后。令他感到不可思议的是，真木成功生还并开始了新的民航飞行员生涯。然而，BCST对他展开了监视，特别是化学从业者水原沙罗，她强行将真木带到废弃工厂内的研究室进行跟踪观察。此时，神秘的怪兽THE ONE似乎被某种力量吸引回归。在一次遭遇THE ONE的攻击后，真木的身体发生了变化。这部影片通过将普通人的生活与令人毛骨悚然的奇幻元素相结合，探讨了人性与怪物之间的界限。随着故事的推进，角色们的命运与外界的冲突交织，观众将被引入一个充满未知与紧张的世界。视觉特效令人瞩目，而情感的张力则使得角色的选择与牺牲更加引人共鸣，展现了科技与人性在极端情境下的碰撞。