电影《天然子结构》讲述右田素夜在一个简单而舒适的小村庄里长大。她就读的学校是一所小型的中小学混合学校，虽然人数仅有6个，但孩子们之间的关系十分融洽。然而，来自东京的转校生大泽广海的到来打乱了这种平静。素夜对这个新的同学表现出了友好的热情，但大泽却显得自我且难以接近。每年夏天，孩子们会一起去海边游泳，虽然通往海岸的捷径被村民视为灵异之地，但大泽坚持走这条路。一次偶然的机会，素夜在这里遇到了麻烦，幸得大泽的帮助才脱离了困境。在交往中，素夜得知大泽是自己以前邻居的孙子，对他的好感与日俱增。然而，素夜的父亲对此关系并不赞同，逐渐揭开了他与大泽母亲之间的往事。随着两人沉浸在初恋的甜蜜时光中，逐步度过了许多重要的日子，然而，毕业的那一天终究还是来临了。这部影片通过素夜与大泽的成长和情感变化，描摹了青春的纯真、初恋的悸动以及家庭关系对个人选择的深刻影响。无论是村庄的宁静背景还是两人的内心挣扎，都让人感受到青春的美好与无奈。每一个人物的塑造都让故事更加立体，引发观众对人际关系、成长及亲情的深刻思考。