电影《黑客帝国3：矩阵革命》讲述在这一集中，尼奥未能成功从内部摧毁“母体”，其身体在真实世界的飞船上陷入昏迷，而他的意识却被困在一个由“火车人”掌控的中间空间。墨菲斯和崔妮蒂等人依然对他的状况十分关心，在守护天使的帮助下，他们找到“火车人”背后的控制者梅罗纹奇，经过一场激烈的战斗，终于将尼奥解救回到现实中。与此同时，电子乌贼军团对锡安展开了猛烈的攻击，人类紧急动员所有机甲战士进行抵抗，局势变得异常紧迫。尼奥和崔妮蒂驾驶飞船历经艰险，最终抵达机器城市，尼奥与机器世界的统治者“机器大帝”会面，双方达成了一项协议：尼奥承诺要消灭不受“母体”控制的史密斯，以此换取锡安的和平。最终，尼奥与史密斯的决战一触即发，关系到整个人类的命运。这集紧张激烈，情节悬念十足，成功将观众的情感紧紧抓住。尼奥的内心挣扎与世界的危机交织，不仅呈现了精彩的动作场面，也深刻探讨了自由与命运之间的矛盾。整部作品通过角色的命运相互交织，更加丰富了人类反抗机器统治的宏大主题。